Die Gründung der 3. Liga wurde am 8. September 2006 vom Deutschen Fußball-Bund (DFB) beschlossen, nachdem wiederholt Forderungen laut geworden waren, dass die Leistungsdichte unterhalb der 2. Bundesliga dichter werden solle. Als Spielbeginn der 3. Liga wurde die Saison 2008/09 ausgewählt, womit Deutschland eines der ersten Länder Europas mit einer landesweiten dritten Spielklasse wurde. Da die Bundesliga und die 2. Bundesliga unter der Schirmherrschaft der Deutschen Fußball-Liga (DFL) standen, wurde die 3. Liga die höchste Spielklasse unter Leitung des DFB. Aus diesem Grund wurde die Liga auch nicht – wie so häufig kolportiert – „3. Bundesliga“ genannt sondern erhielt den schlichten Namen „3. Liga“.

Qualifikation

Im Gegensatz zur 1963 eingeführten Bundesliga und der 1974 gestarteten 2. Bundesliga wurde für die Einführung der 3. Liga keine Jahreswertung der vergangenen Spielzeiten zur Ermittlung der Gründungsmitglieder angewandt, so dass lediglich die Abschlussplatzierungen der vorherigen Saison in der noch drittklassigen Regionalliga ausschlaggebend für die Qualifikation zur 3. Liga waren. Die Qualifikation zur neuen 3. Liga verlief daher weit weniger kontrovers als die für die beiden Bundesligen.

Diskussionen entstanden einzig um den Umgang mit den Zweitmannschaften, die zahlreich in der Regionalliga vertreten waren. Die Vertreter der Regionalligisten forderten, dass Zweitmannschaften nicht für die 3. Liga zugelassen werden würden, während die Profivereine für eine Zulassung von Zweitmannschaften in der 3. Liga waren, weil sonst automatisch alle Reserveteams eine Spielklasse absteigen würden. Schlussendlich verständigte man sich darauf, dass in der ersten Saison höchstens vier Zweitmannschaften in die 3. Liga aufgenommen werden würden (sollten sich mehr als vier für die 3. Liga qualifizieren, würde stattdessen der beste nicht qualifizierte Verein der Liga nachrücken) und in den folgenden Jahren ein unbegrenzter Aufstieg von Zweitmannschaften möglich sein würde, wofür diese Mannschaften ihrerseits darauf verzichteten, weiter am DFB-Pokal teilnehmen zu können. Der unbegrenzte Aufstieg von Zweitmannschaften sollte laut DFB erneut besprochen werden, falls zu viele dieser Teams den Sprung in die 3. Liga schaffen, was bislang allerdings noch nicht der Fall war – im Gegenteil; es dauerte exakt zehn Saisons, bis auch die letzte Zweitmannschaft aus der 3. Liga abstieg.

Absteiger aus der 2. Bundesliga (4) Kickers Offenbach Erzgebirge Aue SC Paderborn 07 Carl Zeiss Jena Regionalliga Nord (8) Regionalliga Süd (8) Rot Weiss Ahlen FSV Frankfurt Rot-Weiß Oberhausen FC Ingolstadt 04 Fortuna Düsseldorf VfB Stuttgart II 1. FC Union Berlin VfR Aalen Werder Bremen II SV Sandhausen Wuppertaler SV Borussia SpVgg Unterhaching Rot-Weiß Erfurt Wacker Burghausen Dynamo Dresden Bayern München II Kickers Emden Jahn Regensburg Eintracht Braunschweig Stuttgarter Kickers 1. FC Magdeburg Sportfreunde Siegen Rot-Weiss Essen SSV Reutlingen Borussia Dortmund II TSV 1860 München II Energie Cottbus II Hessen Kassel SV Babelsberg 03 SV 07 Elversberg VfB Lübeck Karlsruher SC II Hamburger SV II SC Pfullendorf SC Verl FSV Oggersheim VfL Wolfsburg II

Legende Automatisch qualifiziert Als Zweitmannschaft qualifiziert (insgesamt höchstens vier)

Die vier Absteiger aus der 2. Bundesliga sowie die Vereine auf den Plätzen 3 bis 10 in den beiden Regionalligen qualifizierten sich für die 3. Liga. Höchstens vier Zweitmannschaften konnten sich qualifizieren. Sollten sich mehr als vier sportlich qualifizieren, würden die überschüssigen Zweitmannschaften nicht aufsteigen und stattdessen die bestplatzierten anderen Vereine der jeweiligen Regionalliga nachrücken.

Gründungsmitglieder

Dies ist eine Auflistung sämtlicher Gründungsmitglieder der 3. Liga, sortiert nach der schlussendlichen Abschlussplatzierung in der Premierensaison. Die grün unterlegten Vereine stiegen am Ende der Saison in die zweite Liga auf, die rot unterlegten Vereine stiegen am Ende der Saison in die vierte Liga ab.

Drei Vereine spielten nie wieder in der 3. Liga: 1. FC Union Berlin, Fortuna Düsseldorf, Kickers Emden. Zwei davon stiegen im ersten Jahr auf und mussten nie wieder in die 3. Liga absteigen (1. FC Union Berlin, Fortuna Düsseldorf), der andere Verein ist in seiner ersten Saison abgestiegen und konnte seitdem nie wieder aufsteigen (Kickers Emden).